花粉が体内に入ってからすぐに起こる「即時相反応」と花粉がなくとも症状が起こる「遅発相反応」があります。

花粉が鼻に入ると、直後にくしゃみ、鼻汁が生じ、少し遅れてから鼻づまりの「即時相（そくじそう）反応」が生じます。このときの鼻の粘膜は、かぜに近い赤い色の粘膜の腫脹を起こします。

このため、初めて花粉症になったときには、検査をしなければ、かぜと間違う場合もあります。

家の中にいるときなど、花粉がない状態でも症状はありますが、多くは花粉の繰り返しの吸入による鼻づまりの症状が主体です。これをアレルギー反応の「遅発相（ちはつそう）反応」と呼び、アレルギーの細胞から放出されるロイコトリエンなどの物質が神経や血管を刺激するために症状が現れます。

鼻の粘膜の知覚神経が刺激されるとくしゃみが起こり、その反射で鼻汁が出ます。鼻づまりは、血管の拡張と血管からの水分の放出により鼻が腫れるために起こり、目のかゆみはヒスタミンなどが神経を刺激するために起こります。